システム入れ替え中にタイトルのようなことが起こりまして、ちょっと青くなりました。
Windowsの標準コピーでは、アクセス権がありません云々と出てきて、アクセス権を与えつつコピーしてもらえるんですが、マッハCopyではコピー開始に「アクセス許可を提供する必要があります。」で「すべての項目にこれを実行する」で「続行」しても、アクセス許可のないフォルダ以下が全くコピーされませんでした。
その後、マッハCopy削除してからコピーしたらうまいことやってくれました。
ちょっと後でサポートに聞いてみよう。